Negli ultimi anni della sua vita, Aligi Sassu promuove in prima persona la nascita di due istituzioni destinate a custodire e valorizzare il suo lascito artistico e intellettuale. Nel marzo del 2000 viene formalmente costituita a Maiorca la Fondazione Aligi Sassu e Helenita Olivares, con sede nella casa-atelier di Can Marimon a Pollença, dove l’artista aveva vissuto a lungo e prodotto molte delle sue opere più tarde. La fondazione nasce con l’intento non solo di preservare l’archivio e le opere dell’artista, ma anche di promuovere un’attività culturale continuativa in dialogo con il contesto mediterraneo e internazionale.

Nel giugno dello stesso anno, a Besana in Brianza, località legata alla giovinezza e alla formazione del pittore, viene ufficialmente presentata l’Associazione Amici dell’Arte di Aligi Sassu, con sede presso il Padiglione d’Arte Contemporanea di Villa Filippini. L’associazione si propone di radicare sul territorio italiano la conoscenza dell’opera di Sassu, favorendo iniziative espositive, editoriali e didattiche che ne evidenzino il valore storico e la rilevanza attuale. Già nel 1987 l'Archivio Sassu creato da Carlos Julio Sassu Suarez con l'appoggio del maestro, si poneva come obiettivo principale di conservare e catalogare  le opere pittoriche, scultoree e grafiche del maestro, oltre a mantenere vivo il ricordo e il valore umano ed artistico del grande pittore e scultore.

Pochi mesi dopo, il 17 luglio 2000, nel giorno del suo ottantottesimo compleanno, Aligi Sassu si spegne nella sua casa di Pollença. La coincidenza simbolica tra la conclusione della sua vita e l’attivazione delle istituzioni a lui dedicate suggerisce una piena consapevolezza da parte dell’artista del proprio ruolo storico e del compito di affidare alla collettività non solo l’opera, ma anche il senso del suo percorso umano e creativo.